在建设工程项目施工合同中，发包方与承包方之间的权利义务关系是合同的核心内容。通常情况下，承包方在履行合同义务的同时，有权要求发包方按时支付工程款。如果发包方未能履行支付义务，承包方可以停工。
合同是双方当事人之间意思自治的产物，但合同的约定不能违反法律的强制性规定。如果合同中明确约定“不能因发包方不支付工程款停工”，这一条款是否有效，取决于其是否违反了法律的强制性规定。
根据《中华人民共和国民法典》第五百二十六条的规定，当事人互负债务，有先后履行顺序，应当先履行债务一方未履行的，后履行一方有权拒绝其履行请求。这在某种程度上预示着，如果发包方未按时支付工程款，承包方有权拒绝继续履行施工义务，包括停工。
在实际操作中，如果发包方严重违约，长期拖欠工程款，导致承包方无法继续施工，承包方有权采取停工等措施来保护自身的合法权益。即使合同中有“承包人在未收到款项时不得停工”的约定，但如果发包方未能履行支付工程款的义务，导致施工没有办法进行，承包方仍然有权停工，并要求发包方承担对应的违约责任。
法院在《中豫兴达国际路桥建设有限公司与鹤壁市益生农牧发展有限公司、张洪广建设工程项目施工合同纠纷案》中明确：
尽管合同中有“承包人在未收到款项时不得停工”的约定，但如果发包方未能履行支付工程款的义务，导致施工没有办法进行，承包方仍然有权停工，并要求发包方承担对应的违约责任。
由此可知，尽管合同中可能有“不能因发包方不支付工程款停工”的约定，但这一条款不能违反法律的强制性规定。如果发包方严重违约，长期拖欠工程款，承包方有权停工并要求发包方承担对应的违约责任。在处理此类问题时，建议承包方首先通过协商解决争议，如果协商不成，能够最终靠法律途径来解决。
需要注意的是，在签订合同前，承包方仔细审查合同条款，确保合同的约定符合法律规定，并保护自身的合法权益。同时，在施工全套工艺流程中保留好所有相关证据，以便在发生争议时能够有效维护自己的权益。
